新竹市東區衛生所成立於民國八十一年一月，原為新竹市衛生所，民國七十九年十一月一日新竹市行政組織分為三區，東區、北區、香山區公所，正式分區治事，為配合行政區域之調整，新竹市衛生所於八十年十二月一日裁撤，另成立三區衛生所。
本區位於新竹市東南部，東至關東橋與竹東鎮為界，西與本市北區為鄰，南與寶山鄉及本市香山區接壤，北鄰頭前溪與竹北相望，地勢南面連山起伏，標高約二00公尺，除十八尖山為風景休閒區大部份均已開發為科學工業園區，截至民國111年12月底總人數221,657人，男性109,194人占49.26%，女性112,463人占50.74%，總戶數86,190戶。